Program yang dikelola dipondok, bidang pendidikan, dakwah, sosial dan humas dan program khusus
Diantara program kerja dibidang ini adalah :
Serangkaian program telah dirancang agar dapat tercapai tujuan yang telah digariskan oleh Yayasan Pondok Pesantren Syekh Burhanuddin Kuntu yang menjadi misi dari Pesantren.
Untuk mempertajam kemampuan Kurikulum ilmu alat Bahasa Arab (Nahu,Sharaf,ushul, Fiqhi, Mantiq dan Balagho), kepada siswa diberikan pelajaran tambahan dengan sistem halaqah yang dibina oleh guru-guru Tua kepada kader-kader Ulama dapat terus berlangsung karena ilmu ini tetap dipertahankan sebagai identitas Pondok Pesantren Sykeh Burhanuddin Kuntu.
Dengan improfisasi kurikulum dan pola pengajaran Intensive dan Ta’limul Lugah Arabiah, maka 1 tahun siswa diharapkan mampu berbahasa Arab dan Inggris Aktif. Dan melalui Diklat dan Kursus, dalam bidang ini Pondok Pesantren telah mengakader guru melalui kursus
Bagi santri diharuskan menghafal 2 Juz setiap tahun.
Peningkatan jumlah santri dan santriwati dari tahun ke tahun